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Installation

Installation

Prérequis

Windows OS

java Windows OS et MacOS

This repository holds the minimal installers for Conda and Mamba

miniforge Windows OS => Miniforge3-Windows-x86_64.exe

micromamba Windows OS et MacOS

git Windows OS et MacOS

1. Installation de pymdu

1.1. Rapatrier le dépôt git

git clone https://github.com/rupeelab17/pymdu.git

1.2. Installation de l'environnement python

Comme vous voulez !!!

cd pymdu
conda env create -f environment.yml # (1)!
conda activate pymdu
conda install git pip
conda install qgis -c conda-forge
conda install fiona -c conda-forge

cd pymdu
micromamba env create -f environment.yml # (1)!
micromamba activate pymdu
micromamba install git pip
micromamba install qgis -c conda-forge
micromamba install fiona -c conda-forge
  1. 🙋‍♂️ L'environnement python est créé en local.
environment.yml 
name: pymdu
channels:
  - conda-forge
    - defaults
    - numba
dependencies:
    - python=3.11
    - rasterio
    - gdal
    - openjpeg
    - llvmlite

1.3. Installation du package pour le développement

cd pymdu
pip install poetry
python -m poetry install

Warning

Pour une installation classique avec conda, il faut dé-zipper https://github.com/UMEP-dev/UMEP-processing/archive/refs/heads/main.zip dans le dossier [...]/envs/pymdu/share/qgis/python/plugins dans un dossier nommer processing_umep de l’installation de l’environment python créé (voir ligne 89 du fichier https://github.com/rupeelab17/pymdu/blob/main/Dockerfile) => vérifier le chemin de votre python 'where python'

2. Installation de pymdu avec Docker

2.1. Installation de Docker

https://docs.docker.com/desktop/install/windows-install/

https://docs.docker.com/desktop/install/mac-install/

2.2. Rapatrier le dépôt git

git clone https://github.com/rupeelab17/pymdu.git
cd pymdu

2.3. Construction de l'image Docker

DOCKER_BUILDKIT=1 docker build --platform linux/amd64 -t tipee/pymdu:latest .

2.4. Exécution du conteneur

Sur MacOS ou Linux

docker run --name pymdu --rm -it -p 8898:8898 -v "$(pwd)"/demos:/app/demos tipee/pymdu:latest

docker create --name pymdu -p 8898:8898 -v "$(pwd)"/demos:/app/demos tipee/pymdu:latest
docker start pymdu
docker stop pymdu

Sur Windows

docker run --name pymdu --rm -it -p 8898:8898 -v %cd%/demos:/app/demos tipee/pymdu:latest

docker create --name pymdu -p 8898:8898 -v %cd%:/app tipee/pymdu:latest
docker start pymdu
docker stop pymdu

Utilisation du container

http://localhost:8898/

3. Compression et conversion des images Tiff

gdal_translate -of GTiff Tmrt_1997_157_0700D.tif  Tmrt_1997_157_0700D_comp.tif -co COMPRESS=DEFLATE -co PREDICTOR=2 -co DISCARD_LSB=2

3.1. Convertir Tiff en Jpeg2000

micromamba install -c micromamba-forge openjpeg
pip install git+https://github.com/bodleian/image-processing.git

3.2. Convertir Tiff 32bit en 16bit

gdal_calc.py -A Tmrt_1997_157_0700D_comp.tif --outfile=out_round_multiplie.tif --calc="round(A,3)*1000" 
gdal_translate -of GTiff -ot int16 out_round_multiplie.tif out_round_multiplie_16bits.tif
opj_compress -i out_round_multiplie_16bits.tif -o out_round_multiplie_16bits.jp2
gdal_translate -of GTiff -ot float32 out_round_multiplie_16bits.jp2 Tmrt_1997_157_0700D_32bit.tif
gdal_calc.py -A Tmrt_1997_157_0700D_32bit.tif --outfile=Tmrt_1997_157_0700D_final.tif --calc="A/1000"

3.3. Convertir Tiff 16bit en Jpeg2000 avec Python

from image_processing import openjpeg

opj = openjpeg.OpenJpeg(openjpeg_base_path="/Users/Boris/anamicromamba3/envs/pymdu/bin/opj_compress")
opj.opj_compress("Tmrt_1997_157_0700D_16bit.tif", "Tmrt_1997_157_0700D.jp2",
                 openjpeg_options=openjpeg.DEFAULT_LOSSLESS_COMPRESS_OPTIONS)

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